Varios manuscritos del Libro de la caza de las aves indican que proceden de alguna copia cuyo paradero desconocemos. Dos de esos manuscritos mencionan que fueron copiados de un ejemplar que existía en la biblioteca de la Catedral de Salamanca. Se trata de los mss. B-2584 de la HSA y Bonomi. A esta lista hay que añadir un tercer testimonio que, si bien no declara que se copió desde el manuscrito de la catedral, se compulsó con él. Nos referimos a la copia conservada en la Biblioteca de la Universidad de Salamanca, el ms. 2305.

Este testimonio debió desaparecer de la biblioteca catedralicia después de 1535, pues la copia que se hizo del ms. Bonomi declara que se finalizó «sabado ·xxij· de | mayo año de | jv d xxx v | años», y en algún momento del siglo XVII, que es, según Florencio Marcos Rodríguez («La antigua biblioteca de la catedral de Salamanca», en Hispania Sacra, vol. 14, n. 28 (1961), pp. 281-319), «cuando la biblioteca del Cabildo sufrió el despojo de lo más preciado de sus fondos» (p. 319). Podríamos concretar un poco más la fecha de la desaparición si nos atenemos a lo que dice una nota previa del ms. de la Universidad de Salamanca, en la que se expone que el texto que contiene no es de Alonso de Madrigal, como muchos autores sostenían, sino de Pedro López de Ayala. Esta nota está fechada el «v de agosto de 1652». es decir, la desaprición es posterior a 1652.

Hemos podido acceder al inventario de la biblioteca de la catedral (cj. 43, lg. 2, n. 10), y en el fol. 8r, lín. 4 (véase la fotografía de esta página) por abajo se lee:

¶ libro de cetrería comienza el muy honrrado acaba el <tachadura> el libro

Gracias a este catálogo sabemos que el volumen se encontraba en el undécimo banco (de la mano derecha) de la biblioteca catedralicia.